止め段はなぜ発生してしまうのか?

結論から言うと、筬打ちを繰り返すときと、止まってから動かすときでは筬のスピードも違いますし、経糸の位置も微妙に異なるからです。

物体は速度が速いほど大きなエネルギーを持っています。
そのため、止まってからの起動ですぐに同じ速度を持てるか?というとそれはできないために止め段が発生することもあります。
上図から見ても最初の1stpickで目標回転数まで到達していないことがわかります。
それを緩和するために起動特性を変えたり、運転開始角を変更したりします。

起動特性を早くして、すぐに連続運転と同じ目標回転数に近づければいいのか?というとそういうわけでもありません。
逆に粗い織物の場合は起動特性が速いとかえって止め段ができる場合があります。
これは元々粗い織物が大した打ち込み力を必要としないことが原因です。
また、起動時には巻取りローラーも止まった状態から動き始めるため、経糸の状態(張力や伸度)も連続運転中とは異なります。
これは一概にいうことが難しく、織物の規格や回転速度、さらにいうと湿度まで関係してきます。なので、その工場にあった条件を探り当てるのがよいと思います。